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理事會是基金會重大事項的決策機構，在理事長的領導下，依法行使章程規定的職權，保障基金會的健康發展。
現有理事13人，由自然資源部和中海油、中廣核、中石化、華能集團、中國交建、中石油等發起人單位的領導組成。
現有理事13人，由自然資源部和中海油、中廣核、中石化、華能集團、中國交建、中石油等發起人單位的領導組成。
理事長
呂 濱（原國家海洋局黨組成員、紀委書記）
副理事長
李 勇（中國海洋石油集團有限公司黨組副書記、董事、總經理）
彭碧宏（中國交通建設集團有限公司黨委常委、總會計師）
施 兵（中國廣核集團有限公司黨委常委、副總經理）
潘新春（原國家海洋局海域綜合管理司司長）
秘書長
潘新春（兼）（原國家海洋局海域綜合管理司司長）
理 事
柯 昶（生態環境部海洋生態環境司司長）
孔凡群（中國石油化工集團有限公司總經理助理）
王 葵（中國華能集團有限公司副總經濟師、規劃部主任）
何海清（中國石油天然氣股份有限公司勘探與生產分公司副總經理）
李文雄（深圳市特區建設發展集團有限公司黨委書記、董事長）
孫 波（深圳市鹽田港集團有限公司黨委書記、董事長）
李晨陽（自然資源部海洋咨詢中心黨委書記、副主任）